1961 yılında Çorum’da doğmuş, ilköğrenimini Çorum da, orta ve lise öğrenimini Ankara da tamamlamıştır. 1984 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesinden mezun olduktan sonra 2 yıl süreyle Erzurum Pasinler Büyükdere köyünde ve Erzurum merkezde mecburi hizmetini yapmıştır.
1987-1994 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirürji bölümünde uzmanlık eğitimini tamamlamıştır. Ardından 2 yıl özel bir hastanede çalıştıktan sonra, mikronöroşirürji doktora programı için 1997 de Hacettepe ye dönerek, 2001 yılında doktora programını bitirmiştir. 2000 yılında 2 ay süreyle Gutenberg Üniversitesi Nöroşirürji Bölümü( Mainz, Almanya)nde, 2003 yılında 6 ay süreyle Cleveland Clinic de (Cleveland, Ohio, ABD) gözlemci olarak çalışmıştır.
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirürji Anabilim Dalında 1999 yılında yardımcı doçent, 2005 yılında doçent, 2011 yılında profesör olmuştur. Endonöroşirürji , kafa tabanı – hipofiz tümörleri ile ilgilenen Mustafa Berker in 38 adet yurtdışı yayını bulunmaktadır.
Evli ve iki kız çocuğu vardır.
Öğrenim Durumu:
| Derece | Bölüm/Program | Üniversite | Yıl |
| Y. Lisans | Tıp Fakültesi | Hacettepe Üniversitesi | 1984 |
| Tıpta Uzmanlık | Nöroşirürji | Hacettepe Üniversitesi | 1994 |
| Doktora | Mikronöroşirürji | Hacettepe Üniversitesi | 2001 |
Yüksek Lisans Tezi :
- Deneysel Pinealektominin ve Fetal Pineal Bez Transplantasyonunun Kollajen Yaşlanması Üzerine Olan Etkisi: Uzmanlık Tezi- 1994,
Doktora Tezi:
- Sıçanlarda Deneysel Anevrizma Modelinde Görülen Apopitozise Pinealektominin ve Melatoninin Etkilerinin İncelenmesi : Mikronöroşirürji Doktora Tezi – 2001,
Görevler:
| Görev | Görev Yeri | Yıl |
| Pratisyen | Erzurum-Pasinler- Büyükdere köyü Sağlık Ocağı hekimliği | 1984-1986 |
| Pratisyen | Milli Eğitim Bakanlığı Beşevler Dispanser hekimliği | 1986-1987 |
| Ar.Gör. | Nöroşirürji Anabilimdalı-Tıp Fakültesi Hacettepe Üniversitesi | 1987-1994 |
| Uzman | Bayındır Tıp Merkezi -Ankara | 1994-1996 |
| Doktora Arş. Gör. | Mikronöroşirürji– Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Hacettepe Üniv. | 1996-2001 |
| Uzman | Nöroşirürji Anabilimdalı-Tıp Fakültesi Hacettepe Üniversitesi | 1996-1999 |
| Visiting fellow | Gutenberg Üniversitesi Nöroşirürji Bölümü, Mainz, Almanya | 2000 |
| Visiting fellow | Cleveland Clinic Nöroşirürji Bölümü, Cleveland, Ohio, ABD | 2002-2003 |
| Yar.Doç. | Nöroşirürji Anabilimdalı-Tıp Fakültesi Hacettepe Üniversitesi | 1999-2005 |
| Doçent | Nöroşirürji Anabilimdalı-Tıp Fakültesi Hacettepe Üniversitesi | 2005-2011 |
| Profesör | Nöroşirürji Anabilimdalı-Tıp Fakültesi Hacettepe Üniversitesi | 2011 – |
Projelerde Yaptığı Görevler :
- ”Nöroşirürji yoğun bakım ünitesinde sürekli intrakranial basınç ve EEG monitorizasyonunun hasta tedavi yöntemleri ve prognoz etkilerinimn incelenmesi” : HÜTF araştırma projesi 02 G 130, proje yöneticisi, 2003
- “Transunkal Selektif amigdalohipokampektominin postoperatif sonuçları ve prognoz üzerine olan etkileri” :HÜTF araştırma projesi 02 G 110, proje yöneticisi, 2003
- “Transunkal yaklaşımla ve retraktör sistemi yardımıyla basiler tepe anevrizmalarının cerrahi tedavisi” : HÜTF araştırma projesi 02 G 57, proje yöneticisi, 2003
- “Glial tümörlerde ARHI tumör supresör geninde LOH ve metilesyon porfillerinin araştırılması” : Akdeniz Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, A tipi çok merkezli araştırma projesi proje yardımcısı, 2004
- “Ratlarda travmatik beyin hasarı sonrası topiramat ın nöroprotektif etkisinin araştırılma: ” HÜTF araştırma projesi, proje yöneticisi, 2004
Dernek Uyelikleri:
- Türk Nöroşirürji Derneği
- North American Skull Base Surgery Society
- Dahili Ve Cerrahi Bilimler Yogun Bakım Derneği